首先是嚴重的期限錯配問題。銀行的貸款資金來源於存款，存貸款期限管理是銀行流動性管理的重要課題。貸款轉為股權後，會給銀行的流動性管理帶來很大壓力，因為股權是沒有期限的。當然，在央行的支持下，銀行正常支付存款資金是沒有問題的，但現金流不足很容易將銀行間市場利率推高到壹個更高的水平，這就大大降低了貨幣寬松的效果。
二是債權損失風險。債轉股的目標企業主要是過剩行業，中長期前景並不樂觀。雖然上世紀90年代承接債轉股和壞賬剝離的四大資產管理公司事後盈利，但那是因為加入WTO後，中國進入了工業化快速發展、出口高增長、經濟騰飛的階段，所謂的包袱很容易變成優質資產。目前中國轉型升級的方向是高端制造業和第三產業。產能過剩的行業很難再成為主角，相應的股權也缺乏足夠的升值空間。
三是影響銀行業轉型升級。目前銀行業也困難重重，面臨不良貸款高發、融資脫媒、息差下降、互聯網金融沖擊等內憂外患。表面上看，債轉股延緩了不良貸款高發的趨勢，但並未治標。相反，重組和處置這些股份會占用大量的精力，可能會影響銀行自身的轉型升級。