不算。 如果是在農村宅基地上自建的房子，是沒有商品房產權證的。所以，只要符合限購條件，沒有其他商品房產，購買商品房是不算二套房的。
二套房是第二套普通自住房的簡稱，是指以借款人家庭（包括借款人、配偶及未成年子女）為單位認定的，借款人家庭人均住房面積高於當地平均水平的，再次向商業銀行申請住房貸款的房貸房。
同時，對不能提供1年以上當地納稅證明或社會保險繳納證明的非本地居民申請住房貸款的，貸款人按第二套(及以上)的差別化住房信貸政策執行；商品住房價格過高、上漲過快、供應緊張的地區，商業銀行可根據風險狀況和地方政府有關政策規定，對其暫停發放住房貸款。
擴展資料：
2017年3月17日，北京市住建委、市規劃國土委、市住房公積金中心、市銀監局、人民銀行營業管理部聯合舉行新聞發布會，北京樓市調控進壹步升級：
居民家庭名下在本市已擁有1套住房，以及在本市無住房但有商業性住房貸款記錄或公積金住房貸款記錄的，購買普通自住房的首付款比例不低於60%，購買非普通自住房的首付款比例不低於80%。暫停發放貸款期限25年（不含25年）以上的個人住房貸款。（含公積金貸款）。
另外，企業購買的商品住房再次上市交易，需滿3年及以上，若交易對象為個人，按照本市限購政策執行。
原則上對已有1套住房的當地戶籍居民家庭、能夠提供當地壹定年限納稅證明或社會保險繳納證明的非當地戶籍居民家庭，限購1套住房；
對已擁有2套及以上住房的當地戶籍居民家庭、擁有1套及以上住房的非當地戶籍居民家庭、無法提供壹定年限當地納稅證明或社會保險繳納證明的非當地戶籍居民家庭，暫停在本行政區域內向其售房。
百度百科-二套房