商業銀行是坐臺制，需要存款、貸款的人，都到銀行來辦理業務。而小額貸款則是專人負責制。其中每壹個環節，如放貸、審核等都需要大量的專業人員。另外，商業銀行是壹年收壹次款，而為減少客戶的還款負擔、降低風險，小額貸款往往是壹個月收壹次款，這無形中就提高了小額貸款的操作成本。
2、小額貸款的貸款額度小，操作成本卻很高。
商業銀行的貸款額度大，小額貸款的貸款額度小，這就與商品市場上批發與零售的區別相似。因此，小額貸款利息也會相應的高壹些。
3、資金來源不同。
商業銀行具備吸收存款和發放貸款兩個方面的功能，簡而言之，商業銀行可以靠國家的政策與信譽獲得非常低價的儲蓄資金；而小額貸款機構往往不具備吸收存款的功能，只能依靠自有資金進行貸款，所以成本很高。