無論投資公司向銀行支付的手續費是直接從貸款利息中扣除還是全額支付，利息收入扣除手續費後的余額均不得作為應納稅所得額。因為銀行對投資公司提供的委托貸款業務收取的利息和手續費性質不同。
委托貸款的利息收入屬於投資公司(即資金所有者)的財政利息收入，其納稅人是投資公司，銀行只是代收代繳義務人，承擔代扣代繳責任；手續費是銀行為投資公司提供委托貸款服務收取的服務收入。納稅人是銀行，銀行自己按照金融業申報繳納營業稅及其附加。利息和手續費沒有抵扣關系。