1、可用地點：省直公積金可以在全省範圍內使用，無論是在哪個城市辦理住房貸款或租房都可以。市直公積金則只能在繳存的城市內使用，出了市就無法使用。
2、還貸方式：在還貸方式上，省直公積金和市直公積金也存在差異。為組合貸款，省直公積金允許先償還部分商業貸款，再償還部分公積金貸款。市直公積金需要按規定的比例同時償還，貸款年限更長。
3、貸款金額和條件：兩者在貸款金額和條件上存在差異。使用省直公積金貸款的首付比例更低，例如占兩成，市直公積金的首付比例更高，如三成。各地政策有所不同，地區在貸款比例上無差異，但申請貸款的條件有所不同。