首先，股東A向銀行借款，本息當然會由A歸還；但如果A無力償還，則需要拍賣抵押物，要求公司履行擔保責任代為償還；
其次，三個股東增資，其中兩個股東向a借錢，有具體的協議或合同嗎？內容有沒有約定如何償還貸款及利息？如果沒有，以後可能會有扯皮。但最終公司還是要履行賠償責任。a可能損失最大，可能賣房子。
最後:這654.38+0萬是資本，直接投入實收資本。