通常情況下不允許，某些地區有特別規定除外。
根據相關《公積金貸款管理辦法》的政策規定，農村宅基地建房、集體土地建房不具備擔保、抵押的資格，所以通常是不能辦理公積金貸款的。但各地具體的政策情況是不壹致的，比如在廊坊、焦作等地有表明說，農村自建房也是可以使用公積金貸款的。因此，建議在建房前可以先到當地的公積金管理中心進行咨詢和了解。
法律依據：
《住房公積金管理條例》 第五條 住房公積金應當用於職工購買、建造、翻建、大修自住住房，任何單位和個人不得挪作他用。