農村信用社的缺點：
信用社經營目標沖突，削弱了對經營者的激勵與約束作用；
各級政府的行政幹預影響了農信社法人治理結構的完善；
所有者缺位，社員(股東)缺乏對經營者監督的積極性；
缺乏健全的外部治理機制。
完善建議：
明確農信社改革的最終目標取向；
建立中小金融機構存款保險制度，減少各級政府對農信社經營的行政幹預；
進壹步完善“三會”制度，充分發揮其在農信社治理中的作用；
積極宣傳農信社的合作性質，調動社員監督管理的積極性；
建立和發展縣級產權交易市場，提高農信社股權的流動性。