1，繳納比例不同:靈活就業公積金的繳納比例沒有要求；單位公積金的繳存比例由單位根據經濟效益確定，不低於5%，不高於12%。職工和單位的繳費比例是壹樣的。
2.繳費不同:靈活就業公積金由個人承擔；單位公積金由單位和個人共同承擔。
公積金貸款只需要滿足公積金貸款條件，沒有限制必須在公司繳納。自己繳納的公積金也可以用來申請公積金貸款，前提是符合當地公積金貸款的條件。