1、貸款用途不同：商戶貸款是專門為企業提供的壹種經營性貸款，用途主要是用於購置設備、貨物、店面裝修等企業經營發展所需，流水貸款則是壹種適用於個體工商戶的貸款，用途主要是為銀行賬戶流水良好的個體工商戶提供資金周轉。
2、貸款所需材料的不同：商戶貸款需要提供企業的營業執照、財務報表、銀行流水等材料，銀行會根據企業的資質及信用評級情況來審批貸款金額和利率，流水貸款申請所需的材料相對較少，需要提供個人或企業的營業執照、身份證、銀行對賬單等。