1.吉祥1號玉米種子雖然產量高，但在壹些環境因素變化較大的惡劣氣候條件下，如幹旱、寒冷等，產量的穩定性並不理想。
2.轉基因作物的基因存在橫向轉移，這意味著吉祥壹號的基因可能被其他作物或微生物吸收和傳播，對生態環境造成潛在風險。