1，農業供應鏈數量少，且其組織化程度不高，龍頭企業實力不強，龍頭企業與農戶或農戶的經濟利益沒有達成壹致，沒有形成發展現代農業的統壹利益導向。
2.農民自身素質低，容易違約。在農產品價格不穩定的時期，違約風險會逐漸上升，導致供應鏈無法有效運作。