最大的區別就是兩種貸款的利率不同，這兩類貸款只是銀行貸款業務的不同種類罷了,壹樣都是要以房產做為抵押物,由借款人向銀行貸款的過程。
公積金貸款是指繳存住房公積金的職工享受的貸款，國家規定，凡是繳存公積金的職工均可按公積金貸款的相關規定申請公積金貸款。是屬於政府扶持並給予相應優惠的非營利性貸款,其貸款利率是所有貸款利率中最低的。
按揭貸款是指以按揭方式進行的壹種貸款業務。如:住房按揭貸款就是購房者以所購住房做抵押並由其所購買住房的房地產企業提供階段性擔保的個人住房貸款業務。按揭貸款屬於商業性貸款,其貸款利率最低可以享受央行發布的最低利率下浮15%的利率,算是所有商業性貸款利率中最低的