如果不取消年檢，最終會被工商部門吊銷營業執照。被撤銷企業的法定代表人、股東會將被工商局列入黑名單，三年內不能以個人名義重新註冊公司。稅務永久列入黑名單，重新註冊公司，將被稅務機關追繳罰款；公司法人和股東將進入中國人民銀行個人征信系統，限制銀行貸款、出國、移民、領取養老保險等。
如果企業經營出現拖欠等問題，追究法定代表人的民事責任，涉及犯罪的法定代表人追究刑事責任，出資人主要追究民事責任。