村鎮銀行應建立健全內部控制制度和內部審計機制，提高風險識別和防範能力，檢查和評估內部控制執行情況，糾正和完善內部控制薄弱環節，確保依法合規經營。
村鎮銀行應當執行國家統壹的金融企業財務會計制度和銀行業監督管理機構的有關規定，建立健全財務會計制度。真實記錄和全面反映其業務活動和財務狀況，編制財務會計報告並提交董事會審議。有條件的村鎮銀行可引入外部審計制度。