申請公積金貸款時，為了以後還款方便，申請人、公積金管理中心和受委托銀行簽訂公積金代扣還款協議。協議生效後，受托銀行將在還款的第二個月從指定的公積金賬戶中扣收貸款人當月的還款金額，用於沖抵公積金貸款。
壹旦銀行扣款成功:
公積金管理中心將及時記錄公積金貸款申請人的還款情況。如果貸款人公積金賬戶每月入賬金額小於應付金額。
然後，貸款人需要將差額存入委托銀行的個人銀行還款賬戶進行彌補。貸款人未及時償還公積金貸款的，管理中心將當期記錄為逾期還款，借款人歸還時多付罰息。