綜述：會被扣除。
如果在辦理助學貸款前就已經交了相關費用，那助學貸款辦下來後，支付寶系統可能還是會直接劃撥至學校指定賬戶，自動再繳納壹次學費。對此，借款學生可以聯系學校財務處，讓學校退款回交學費的銀行卡裏就行了。
助學貸款簡介：
國家助學貸款是由政府主導、財政貼息、財政和高校***同給予銀行壹定風險補償金，銀行、教育行政部門與高校***同操作的專門幫助高校貧困家庭學生的銀行貸款。借款學生不需要辦理貸款擔保或抵押，但需要承諾按期還款，並承擔相關法律責任。借款學生通過學校向銀行申請貸款，用於彌補在校期間各項費用不足，畢業後分期償還。
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