借款人購買拍賣房屋並申請組合貸款的，管理中心在取得預告抵押登記證明後，將公積金貸款劃轉至商業銀行，由商業銀行統壹向賣方發放組合貸款。借款人購買現房或二手房申請組合貸款的，在取得不動產權證書和抵押登記證明或不動產登記受理證明後，由管理中心和商業銀行分別放款。
申請組合貸款的前提是借款人必須同時滿足公積金貸款和商業貸款的條件。另外，組合貸涉及機構多，申請流程復雜，花費時間相對較長。