1993年，中國金融工作會議決定改革信貸資金與規模的分配體制，收回人民銀行分行供應和調劑再貸款規模的權利，再貸款供應渠道發生重大變化，分支行再貸款管理的主要任務成為發放短期資金用於解決商業銀行頭寸不足。1998年，中國人民銀行取消了對商業銀行貸款規模的指令性計劃，標誌著金融宏觀調控方式由直接向間接轉變，再貸款開始成為真正的間接調控工具。再貸款不僅繼續發揮投放基礎貨幣，影響商業銀行信貸擴張能力的作用，而且開始承擔化解金融風險，維護經濟金融穩定的重任。