根據我國稅法規定:“個人所得稅以所得為納稅義務人，以支付所得的單位或者個人為扣繳義務人。工資、薪金應納的稅款按月核定，由扣繳義務人或者納稅人於次月十五日內繳入國庫，並向稅務機關報送扣繳稅款報告表。”因此，員工的個人所得稅由公司按月扣除。