小額貸款公司的營業成本主要包括融資成本，以及開展業務發生的相關費用，而納入營改增範圍後，小額貸款公司通過銀行貸款、金融資產售後回購、第三方抵押借款等方式融資所產生的相關成本均無法抵扣進項稅，而開展業務的相關費用中占比較大的人工費用、福利費用、交通費用以及業務招待費用等亦不能抵扣進項稅。
可以抵扣進項稅的費用通常包括固定資產與物料費用、房屋租賃費用、咨詢服務費用和住宿費用等，因此小額貸款公司進項抵扣比例很低。
加強對進項稅的管理，包括加強集中采購、供應商管理、進項發票管理等方式提高進項稅抵扣比例和拿票率，做到進項稅“應抵盡抵”，進壹步降低營改增對企業稅負的影響，也是要成本的。
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