1、管理機構不同：銀行系統公積金政策由住房公積金管理委員會決策，住房公積金管理中心運作，銀行專戶存儲，財政監督；民營企業公積金政策由企業制定並實施，報相關部門批準。
2、繳存基數不同：銀行系統公積金政策規定繳存基數不得低於當地最低工資標準；民營企業公積金政策規定繳存基數不得低於員工工資標準。
3、繳存比例不同：銀行系統公積金政策規定繳存比例不得低於5%；民營企業公積金政策規定繳存比例不得低於10%。
4、貸款條件不同：銀行系統公積金政策規定連續繳存12個月後才能申請貸款；民營企業公積金政策規定連續繳存6個月後即可申請貸款。