1、指標相對單壹：本外幣存貸款余額指標僅僅反映了銀行業金融機構的存貸款總量，而沒有考慮到其他的重要因素，比如存貸款利率、存貸款期限、資產質量等。因此，單純依據本外幣存貸款余額指標來衡量銀行業金融機構的貢獻度和風險水平，會存在壹定的誤差和不足。
2、受外匯波動影響：本外幣存貸款余額指標反映的是本幣和外幣的存貸款余額總量，而外幣存貸款余額的額度通常會受到外匯市場的影響，比如匯率波動、外匯供求關系變化等，而這些因素可能會導致本外幣存貸款余額指標出現波動，影響指標的準確性和穩定性。