2006年2月，中央機構編制委員會辦公室批準將“國家助學貸款管理中心”更名為“全國學生資助管理中心”。2022年2月16日，經中央編委批準，教育部外國貸款事務中心並入全國學生資助管理中心，組建新的全國學生資助管理中心。？
全國學生資助管理中心屬於教育部直屬單位，是局級單位。