1、適用對象不同：學費補償是針對應屆畢業生服義務兵役的。國家助學貸款代償是針對高校在校生服義務兵役的。
2、資助額度不同：學費補償是每學年補償學費或代償國家助學貸款本息的金額最高不超過6000元。國家助學貸款代償金額，按學生實際獲得的國家助學貸款本息之和進行補償。